次世代定序法（NGS）是將DNA片段變成大量短片段再拼回去，藉由大量而快速短序列片段(Short Reads)的定序方式，在短時間內能有效增加比對數減少錯誤率。
三代定序優缺點中，NGS的優點之一是能夠進行快速、長片段定序(通常大於10000 bp)，同時不需要依賴參考基因組 (Reference Genome) ，使其避免了重複序列(Repeated Sequence)及缺失片段的問題。
然而，三代定序優缺點中，NGS的缺點之一是通量較低、成本較高，且誤差率仍然需要改善。此外，NGS在使用於HLA分型上的效益也有待進一步確認。
近年來，現代定序技術在各個平台的競爭下迅速演進，從一開始的Sanger sequencing到第三代定序，定序 (sequencing) 儼然成為了顯學。
次世代定序法（NGS）是一種將DNA片段化為大量短片段，並通過高速短序列片段（Short Reads）的定序方式來獲取序列信息的生物技術。這種技術能夠快速、準確地獲取基因組信息，同時克服了傳統Sanger定序方法在處理長片段DNA時面臨的挑戰。儘管第三代定序技術在某些應用中顯示出了其價值，如HLA分型，但該領域仍存在一些技術挑戰，包括低通量、高成本和定序錯誤率高等問題，這些問題限制了其在所有應用中的廣泛採用。
第三代定序技術的現況
在2018年11月的專題中，我們回顧了多種第三代定序技術及其臨牀應用。這些技術包括單分子螢光定序法（single molecule fluorescence sequencing），由Helicos Biosciences開發，該方法涉及將DNA片段化，並將其連接到含有poly-A尾的DNA片段上，然後將這些片段與晶片上的poly-T序列結合，進而使用帶有螢光標記的dNTP進行定序。這項技術的優點在於不依賴於PCR擴增，從而減少了錯誤率。
| 技術 | 定序原理 | 應用 |
|---|---|---|
| 單分子螢光定序法 | 將DNA片段化後連接到poly-A尾，與晶片上的poly-T序列結合，使用螢光標記的dNTP進行定序 | 用於基因組測序和RNA直接測序 |
雖然第三代定序技術在某些情況下非常有用，但它們目前還不能完全取代第二代定序技術。研究者們仍在努力改進這些技術，以期降低成本，提高通量和定序精度。未來，隨著技術的不斷進步，相信第三代定序技術將在更多領域發揮其獨特的作用。
三代定序優缺點
三代定序是一種基因定序技術，目前已經發展到第三代。三代定序技術在生物醫學領域中具有重要的意義，然而，它也有一些優點和缺點。
優點：
- 速度快：相比於前兩代的定序技術，第三代定序技術的速度更快，能夠在短時間內獲取大量的序列信息。
- 單分子定序：第三代定序技術能夠在單個分子水平進行定序，避免了對樣本的放大，減少了偏差。
- 長序列讀長：第三代定序技術能夠讀取較長的DNA片段，有助於解決之前定序技術中的組裝難題。
缺點：