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元古宙開始,地球生物圈主要產氧光合作用主。

進行此類光合作用生物(比如各種植物、綠藻和藍綠菌)主要依賴卟啉衍生物——葉綠素作為反應中心感光色素,主要吸收可見光譜中紅色和藍色波段(吸收綠光,因此呈現綠色),並以此將水和二氧化碳轉換碳水化合物和氧氣,其能量轉換效率6%[2]。

作為起始端的生產者,植物和藻類通過光合作用生產有機物可以其它異養生物攝入並消化,然後通過食物鏈生物能傳遞生態系統內其它消費者。

對大多數生物來説,這個過程是賴生存關鍵。

而地球上碳循環,光合作用是其中一環。

電子傳遞鏈分兩種,即循環電子傳遞鏈(cyclic electron transfer system)和非循環電子傳遞鏈(noncyclic electron transfer system)
光系統2出發:
光系統2→初級接受者(Primary acceptor)→質體醌(Pq)→細胞色素複合體(Cytochrome Complex)→質體藍素(含銅蛋白質,Pc)→光系統1→初級接受者→鐵氧化蛋白(Fd)→NADP+原酶(NADP+ reductase)
電子傳遞鏈光系統2出發後,會光解水,釋放氧氣,產生三磷酸腺苷 (ATP)NADPH。

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除此之外,鹽桿菌古菌會用視黃醛和其視紫質衍生物來吸收綠光(因此呈現紫色)驅動跨膜蛋白中離子泵並直接生產三磷酸腺苷和化學能,並進行固碳反應。

以視黃醛基礎光合作用很可能太古宙早期出現,是地球史上一種利用日光生產有機物生化現象(參見紫色地球説)。

雖然一些光合作用中步驟不能完全理解,但是整體光合方程式自19世紀以來是已知。

植物動物。

綠色植物與部分微生物陽光白天,能利用太陽提供能量來進行光合作用,獲得生髮育必需養分,這所謂自營生物。

此種自營稱為光合自營。
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這個過程關鍵參與者是細胞內部葉綠體。

葉綠體陽光作用下,經由氣孔進入葉片內部二氧化碳和根部吸收水轉變成為葡萄糖,同時釋放出氧氣:
注意:上式中等號兩邊水不能抵消,雖然化學上此方程式顯得。

原因是左邊水分子是植物吸收所得,而且於製造氧氣和提供電子和氫離子。

而右邊水分子氧原子是來自二氧化碳。

地表達這一原料產物起始過程,人們習慣號左右兩邊寫上水分子,或者右邊水分子右上角打上星號。

電子傳遞鏈分兩種,即循環電子傳遞鏈(cyclic electron transfer system)和非循環電子傳遞鏈(noncyclic electron transfer system)
光系統2出發:
光系統2→初級接受者(Primary acceptor)→質體醌(Pq)→細胞色素複合體(Cytochrome Complex)→質體藍素(含銅蛋白質,Pc)→光系統1→初級接受者→鐵氧化蛋白(Fd)→NADP+原酶(NADP+ reductase)
電子傳遞鏈光系統2出發後,會光解水,釋放氧氣,產生三磷酸腺苷 (ATP)NADPH。

光系統1出發:
光系統1→初級接受者(Primary acceptor)→鐵氧化蛋白(Fd)→細胞色素複合體(Cytochrome Complex)→質體藍素(含銅蛋白循環電子傳遞鏈會產生氧氣,因為電子來源並是水光解),後會生產出三磷酸腺苷(ATP)。

非循環電子傳遞鏈中,細胞色素複合體會氫離子打到類囊體(Thylakoid)裏面。

濃度氫離子會濃度差向類囊體外擴散。

於類囊體膜雙層磷脂分子組成,所以氫離子靠通道蛋白進行擴散,這個通道蛋白ATP合酶。

固碳作用實質上是一系列酶促反應結果。

生物界有幾種固碳方法,其中卡爾文循環主,但並非所有進行光合作用細胞使用卡爾文循環進行碳,例如硫細菌會使用還原性三羧酸循環,綠曲撓菌(Chloroflexus)會使用3-羥基丙酸途徑(3-Hydroxy-Propionate pathway),有一些生物會使用核酮糖-單磷酸途徑(Ribolose-Monophosphate Pathway)和絲氨酸途徑(Serine Pathway)進行碳。
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卡爾文循環是光合作用裏碳反應一部分。

反應場所為葉綠體內基質。

循環可分為三個階段:羧化、二磷酸核酮糖再生。

大部分植物會吸收到一分子二氧化碳,通過核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶作用,整合到一個五碳糖分子1,5-二磷酸核酮糖(RuBP)第二位碳原子上。

此過程稱二氧化碳。

然後提取物應用雙向紙層析法,分離各種化合物,通過放射影,分析放射性上面斑點,並已知化學成份。

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但這種六碳化合物,會分解兩分子三碳化合物3-磷酸甘油酸。

後者光反應中生成NADPH氫離子,此過程需要消耗ATP。

產物是3-磷酸丙糖。

後來一系列複雜生化反應,一個碳原子會於合成葡萄糖而離開循環。

剩下五個碳原子經一系列變化,後生成一分子1,5-二磷酸核酮糖,循環開始。
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卡爾文循環每進行六次,生成一分子葡萄糖。

二次大戰後,美國加州大學柏克萊分校梅爾文·卡爾文他同事們研究一種綠球藻,確定植物光合作用中如何CO2。

此時C14示蹤技術和雙紙層析法技術,卡爾文實驗中用上此兩種技術。

他們培養出來綠球藻,放置含有未標記CO2密閉容器中,然後C14標記CO2注入容器,培養時間後,球藻浸入乙醇中殺死細胞,使細胞中酶變性而。

接着他們提取到溶液裏分子。

然後提取物應用雙向紙層析法,分離各種化合物,通過放射影,分析放射性上面斑點,並已知化學成份。

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卡爾文實驗中發現,標記有C14CO2能轉變成有機物。

幾秒鐘內,層析紙上就出現放射性斑點,已知化學物,斑點中化學成分是3-磷酸甘油酸(3-phosphoglycerate,PGA),是糖酵解中間體。

這第一個提取到產物是一個三碳分子,所以這種CO2途徑稱為C3途徑,將通過這種途徑CO2植物稱為C3植物。

後來研究發現,CO2C3途徑是一個循環過程。

人們稱C3循環。

這一循環稱“卡爾文循環”。

C3類植物,如米和麥,二氧化碳經氣孔進入葉片後,直接進入葉肉進行卡爾文循環。

而C3植物維管束鞘細胞 (bundle-sheath cells) ,不含或含很少葉綠體,卡爾文循環這裏發生。

1960年代,澳洲科學家哈奇(M. D. Hatch)和斯萊克(C. R. Slack)發現玉米、甘蔗熱帶綠色植物,和其他綠色植物一樣,具有卡爾文循環外,CO2通過一條途徑。

這條途徑稱為“哈奇-斯萊克途徑”。

C4植物主要是一些生活乾旱熱帶地區植物。

這種環境中,植物倘若時間開放氣孔吸收二氧化碳,會導致水分通過蒸騰作用過流失。

所以,植物只能時間開放氣孔,二氧化碳攝入量。

植物利用這少量二氧化碳進行光合作用,合成自身所需物質。

C4植物葉片維管束周圍,有維管束鞘圍繞,這些維管束鞘細胞含有葉綠體,但裏面並無基粒或發育。

這裏,主要進行卡爾文循環地方。