元朝末年，朱元璋建立吳政權，初改集慶路應天府。
原金陵城東燕雀湖填平，建吳王新宮，即明故宮。
有説填湖泥土來自城南三山，故有“移三山，填燕雀”説法[1]。
吳元年（1367年），吳王新宮建成。
南京城為留。
洪武二年（1369年）九月，金陵城基礎上建南京城。
洪武六年八月，城池建成。
中國城池傳統正方形或矩形平面佈局，南京城佈局規則形狀。
四重城牆構建出城池區域，內而外，是宮城、皇城、內城和外城。
洪武十一年（1378年），曰京師。
永樂元年（1403年），稱南京。
後明朝政府遷北京。
南京城為留。
而應天府下轄上元縣、江寧縣倚郭縣。
兩縣依舊沿襲秦淮河界，分南京城，同城而治管轄狀態。
清朝順治初年，清軍攻佔南京，圈佔明故宮，南京城東部置江寧滿城。
中國歷史上，有朝代實施兩京制，顧名思義設立兩個京城，兩個京城還是有主次分。
像隋唐時期，東都洛陽時間內屬於是輔性質，而長安屬於正位置，所以兩京制度叫陪都制度。
説起行兩京制朝代，明朝兩京制度其他朝代來説，因為留南京保留了一整套中央機構，可以説有着兩個朝廷機構，那麼擁有中央機構南京明朝276年中起到了什麼作用呢，南北二京沒有起過衝突嗎，今天宋安來具體説説。
公元1368年明太祖朱元璋開國，建立明朝，於金陵南京。
當時朱元璋汴梁為北京，金陵為南京，可以視為明初兩京制。
可以説留南京中央機構，明朝朝廷備份。
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到了明成祖朱棣起靖役登基帝後，他將自己根基地北平改名為北京，後來遷於北京，明朝確定了兩京制格局。
一段時間內，北京和南京地位有些，北京是稱為“行”，即皇帝率文武百官駐紮臨時。
而南京身名義上都城，明成祖後沒有皇帝回去時間駐紮辦公。
明成祖兒子明仁宗在位時期想遷回南京，不過這位仁宗皇帝在位十個月而已，所以沒來得及付諸行動駕崩了。
直到明英宗正統六年,明英宗通過頒詔形式，確定了北京位置和南京留位置。
從此北京各衙署去“行”二字,南京各衙署加“南京”二字，意味着明朝兩京制度確立。
因為南京是明初都城，加之其他各種原因，所以保留了一整套中央機構。
南京和北京，設有六部班子，有都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監機構，官員級別和北京。
可以説留南京中央機構，明朝朝廷備份。
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那麼這兩套中央機構有何呢，認真來説南京中央機構是象徵意義於實際意義。
皇帝北京，因此決策權出自北京中央機構。
而南京沒有皇帝這個主心骨，所謂中央機構名不符實。
所以實權來説，北京有決策權，南京沒有，權力劃分，因此兩者之間並沒有什麼衝突。
南京中央機構主要管理是南直隸相應事務，不能説有權，但相比於北京，肯定是不如。
因為如此，所以南京各衙門多虛職，是，任職官員稱“吏隱”。
所以到了明朝中後期，南京中央機構實際上成為養老機構。
有黨爭失敗官員，往往看似是調動到南京，貶到了南京。
所以説明朝留南京自中後期開始，説了主要是起到了養和安置貶官員兩個作用。
當時留南京具有實權是南京參贊機務兵部尚書、南京守備太監、提督南京軍務勳臣。
這三方中兵部尚書代表了中央機構，太監代表了宦官勢力，勳臣是代表了明朝開國元勳後裔團體。