確實魚種數決定，其困難包括：
一、 紀錄魚種增加
二、 同種變動頻-多半名字更改，種數不變
三、 種之界定有爭議
四、 外來種問題– 野外繁殖成功者？ 或需普遍存活天然水域者台灣魚類資料庫魚種採認準：
一、 具有採集台灣野外水域標本可供考證、或是發表同儕審查研究論文原生魚種
二、 在台灣野外水域繁殖、形成族羣且具有標本可供考證之外來魚種
三、 若遇有同種或是魚種分類觀點問題，魚種有效性認定近期發表同儕審查研究論文。
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