1937年，國民革命軍日作戰中接連失利，大片國土失守，同時南京告急。
於當時日本相比中華民國軍事實力差距，因而戰端開啟以來，中國軍隊日作戰雖全力，三軍效命，但是大都失利，致使組織防禦會戰。
同年10月，國民政府決定進行戰略撤退，同時南京政府機構進行遷離。
撤至湖北漢口（今武漢國民政府舊址），10月，國防委員會決議遷慶。
[2]:3612月，軍事委員會遷武漢辦公。
《抗戰建國綱領》是國民政府抗日戰爭期間行政綱領，包括外交、軍事、政治、經濟、民眾運動、教育各方面基本政策，提出整飭弊政，組織國民參政機關，和發動全國力量，鞏固抗戰政治和社會基礎，注意改善人民生活，鼓勵投資，擴大戰時生產，實行計劃經濟，應戰時需要[7]。
於地勢阻擋，日本陸軍進入四川盆地，改變戰略。
1938年2月18日起，日本陸海軍航空部隊重慶展開「航空進攻作戰」，期近6年「無轟炸」，史稱「重慶轟炸」。
1943年8月23日轟炸戰略停止，重慶市損失，市區市民死亡11,889人，受傷14,100人，房屋毀壞17,608棟，重慶市區大半化為廢墟，市區工商界直接損失達500萬美元以上[3]。
史學界統計數據為：死亡2.36萬人和受傷3.78萬人，共6.14萬人[4]。
但是國民政府做任何退讓和協，日政策保持，民眾各界積極開展各種救亡運動。
後，日軍進攻中國西南戰略計劃流產。
1938年3月，中國國民黨臨時全國代表大會武漢召開。
會議中通過文件形成了日後重慶施行行政制度。
會議通過《改進黨務並調整黨政關係案》確定蔣中正中國國民黨總裁，汪精衞副總裁，明文規定總裁行使黨權利，並加強了中央對地方黨政組織控制，設民主義青年團；通過了《抗戰建國綱領》和《組織國民參政會案》，決定原國防會議參議會基礎上設立國民參政會；制定了抗戰時期國民政府基本政策，確定了蔣中正在戰時權利統一，蔣介石發表了他抗日宣言：
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此次抗戰，國家民族存亡繫，人人獻其生命，爭取國家民族生命。
《抗戰建國綱領》是國民政府抗日戰爭期間行政綱領，包括外交、軍事、政治、經濟、民眾運動、教育各方面基本政策，提出整飭弊政，組織國民參政機關，和發動全國力量，鞏固抗戰政治和社會基礎，注意改善人民生活，鼓勵投資，擴大戰時生產，實行計劃經濟，應戰時需要[7]。
綱領強調經濟、政治各方面應以軍事中心，並確定國民黨抗日戰爭中核心領導地位。
但是，該綱領於反黨共產黨採取信任和限制政策，導致國共合作出現一些矛盾。
國民參政會由國民政府、共產黨及其他黨派和無黨籍人士代表組成，是中國戰時民意及諮詢機關；參政員遴選和推選產生，後國防會議報送國民黨中央執行委員會審查決定聘請；參政會通過決議國防會議批准方能生效執行。
抗日戰爭期間，中國文化教育東向西轉移，客觀上改變之前中國教育地域，基本奠定了當代中國教育格局。
國民政府頒布一系列教育方針和政策，確保了中國教育系統運轉，並延續了中國文化教育血脈。
1938年1月，國民政府任命陳立夫教育部部長，教育部辦公處位於巴縣青木關（今沙坪垻區青木關鎮）。
同年3月陳氏渝職時提出了四點戰時教育方針：
1939年，第三次全國教育會議重慶召開，蔣中正進一步確定了「平時要戰時看，戰時要平時看」「教育是一切事業基本」教育方針。
國民政府日佔區內遷師生實行「救濟貸金」制度。
1938年國民政府頒立《公立專科以上學生貸金暫行辦法》，全國公立專科以上學生發予貸金，每人每月8-10元。
戰事不能結束情況下，國民政府接受準備抗戰事實，戰時策略進行調整。
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貸金制度是確保內遷學生能夠繼續求學保障，如李政道、楊振寧世界知名科學家能順利地完成西南聯大學業，得益於貸金制度。
戰前中國有高等教育機構108所，相比之下，戰前重慶中等以上學校32所。
抗日戰爭全面爆發後，有91所遭到破壞。
中日佔區很多文化教育機構停辦，是中國腹地遷移，其中大多遷往中國西南重慶、成都和昆明。
戰爭爆發後，重慶中等以上學校激增97所[8]，大都集中沙坪垻、磁器口、九龍坡一帶。
國民政府遷都決策，是1937年10月中下旬作出。
抗戰爆發後，三個多月作戰，國民黨軍北方丟失河北、察哈爾、綏遠和山西、河南北部地區，退向黃河沿岸。
上海，“消耗”不支，開始全線撤退。
儘管國民政府對“國際幹預”抱有希望，得到西方國家實際支持。
戰事不能結束情況下，國民政府接受準備抗戰事實，戰時策略進行調整。
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10月下旬，蔣介石國防會議上提出國民政府遷移重慶，並此舉堅持抗戰結合起來，開始作遷準備。
重慶是一座山城，位於四川盆地東南，嘉陵江長江匯合處，交通，商業發達，為西南地區重鎮。
國民政府作出遷都重慶決策，主要基於以下考慮：其一，北方戰事發展，使遷洛陽可能;其二，遷西安陝甘寧邊區過近，並且缺少拱衞屏障;其三，四川四面環山，一條大江直抵中原，若挾地勢利，可抵禦日軍入侵;其四，四川號稱“天府之國”，物產，可以支持抗戰。
1937年10月29日，蔣介石國防會議上作《國府遷渝抗戰前途》講話，明確提出遷都重慶，四川為抗日後方，繼續抗戰。
30日國民政府決議遷慶。
11月17日，國防會議決議： “抵抗日軍侵略，中央黨部、國民政府遷重慶辦公。
”，國民政府主席林森率文官、主計、參軍三處部份人員離京西上，揭開了國民政府遷都重慶序幕。
20日國民政府鄭重發表《遷宣言》，稱“國民政府茲適應戰況，統籌全局，抗戰起見，本日移駐重慶，此後規模，事戰鬥，中華人民眾，土地，人人死決心，以其熱血土地凝結一，任何暴力不能使分離，外得國際同情，內有民眾團結，繼續抵抗，達到維護國家民族生存獨立目的，宣言，惟共勉。
”26日林森一行抵達重慶。
12月1日，國民政府重慶新址正式辦公，國民黨中央同時遷渝辦公。
但此時國民政府所屬軍事、經濟、外交職能部門集中武漢，武漢成了中華民國實際臨時“”。
1938年7月，軍事委員會令駐武漢各黨政軍五日內撤離武漢，重慶遷移;到8月4日，駐武漢各機關全部遷到重慶; 12月8日，蔣介石侍從及幕僚人員桂林飛抵重慶，從而完成了國民政府遷駐重慶歷史過程。
1940年8月15日，國防委員會通過決議，確定重慶陪都。